Les données d'émissions de l'inventaire régional ne sont pas, sauf exceptions, issues de mesures mais d'estimations, auxquelles sont naturellement liées des incertitudes.
Ces dernières sont fortement variables d'un polluant à l'autre et d'un secteur à l'autre.
La marge d'incertitude d'un inventaire d'émissions n'a jamais pu être quantifiée de façon objective par quelque expert que ce soit dans le monde. De façon très intuitive, on admet généralement que ces marges d'incertitudes, au niveau national, pour l'ensemble des activités réunies pourraient être les suivantes :

• CO₂ : 2%
• SO₂ : 5%
• NO_X : 15%
• COVNM : 50%

Source : CITEPA